Gli organi di Governo Confagricoltura Emilia Romagna sono:
a) L'assemblea che è costituita:
- Dai componenti il Consiglio Direttivo;
- Dai delegati nominati dalle singole Unioni;
- Dai Presidenti delle Sezioni Regionali di Prodotto.
b) Il Consiglio Direttivo che è formato:
Dal Presidente, dai due Vice, dai Presidenti delle 8 Unioni Prov.li, dal Presidente Reg.le ANGA, eventualmente da un massimo di 2 altri membri, che possono essere designati per cooptazione dal Direttivo stesso, su indicazione del Presidente.
Alle riunioni partecipano, con voto consultivo, i Direttori delle Unioni.
Segretario del Consiglio Direttivo della Federazione è il Direttore della stessa.
c) Il Presidente
d) Il Collegio dei Revisori dei Conti.